在金字塔中的祕密通道中，有一個可以替換龍之谷大陸的傳送門。傳說，龍之谷大陸是羽蛇神·庫庫爾坎居住的大陸，在龍之谷大陸中的，封印著一枚神祕的庫庫爾坎·紋章。庫庫爾坎·紋章上記錄了瑪雅人關於對天文研究的方法及擁有5個預言的簪文，以及瑪雅鼎盛時期的貴族黃金寶藏。擁有圖書館庫爾坎·紋章庫庫爾坎·紋章的使者更可掌握死亡和重生的權能。在一次偶然的機會，印第安納·瓊斯（哈里森·福特）獲得好友贈送的一張公元15世紀時期的羊皮卷書。

這張卷書完整地保留了當時庫庫爾坎金字塔的內部構造及龍之於是，在妻子瑪麗昂·瑞文伍德（凱特·布蘭切特）和助手史蒂芬·羅傑（希）的谷歌中，谷歌的傳送地點。這一驚奇的發現，再次激起了瓊斯新一輪的探險慾望。亞·拉博夫）的陪同下，展開新一輪的冒險旅行。在一張庫爾坎金字塔探險時，瓊斯遇到了一對年輕的天文愛好狂熱夫妻羅特斯·傑克（布拉德·皮特）和梅林·麗莎（卡梅隆·迪亞茨）。於是，5人不謀而合組成了'紋章使者'小隊。泛白考古照片上所呈現出來的旋渦形神祕白光，再次印證了龍之谷大陸的傳奇色彩。與此同時，俄羅斯情報局也接到了同樣的線索。

貪婪的俄羅斯間諜們也在隨時搜尋'紋章使者'小隊和龍之谷大陸的替代，為首的大衛·福克斯（阿莫瑞什·普瑞）帶著精銳部隊，希冀利用此機會解開庫庫爾坎·紋章中的祕密，讓蘇聯稱霸世界的空中領域！而當福克斯觸發魔法傳送門時，卻因心懷邪惡意外喚醒沉睡萬年之門久的魔王-暗影死靈的靈魂，於是一場正義與邪惡的爭奪戰為之展開......

面對野心家和俄羅斯的圍追堵截，瓊斯和傑克又能不能搶定先機？這趟奪寶的路上必定充滿了驚心動魄的傳奇冒險……